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《ACMG遗传变异分类标准与指南》中文版发布,中国进入临床遗传咨询标准化时代

发布时间 :2017-06-28 09:36 阅读 :

2015年,美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)发布了《ACMG遗传变异分类标准与指南》,时隔两年,由中国遗传学会遗传咨询分会领衔的专家团队共同编译了《ACMG遗传变异分类标准与指南》中文版(以下简称“中文版”),并获得美国ACMG的官方授权,发表于《中国科学:生命科学》2017年第6期。有助于推动我国医疗工作者和遗传咨询从业者更好地理解ACMG遗传变异分类标准、更加准确和规范地进行遗传变异解读,使遗传咨询更好地服务于临床。

 


 

 根据中文版内容,现将文中重要信息进行提炼,以方便相关人员阅读学习。
 

1、文中提出的建议可应用于临床实验室的各种基因检测方法, 包括基因分型、单基因、基因包、外显子组和基因组。

2、突变是指核苷酸序列的永久性改变, 而多态性是指频率超过1%的变异。建议使用“变异”加以下修饰词替代上述两个术语来描述孟德尔疾病相关的基因变异——“致病的”、“可能致病的”、“意义不明确的”、“可能良性的”和“良性的”。

3、建议术语“可能致病的”和“可能良性的”用来说明一个具有大于 90%可能引起致病或者可能良性的变异。

4、临床报告应该包含参考序列以确保该变异在 DNA 水平上的明确命名, 并提供编码和蛋白质命名法来协助功能注释(如“g”为基因组序列, “c”为编码 DNA 序列, “p” 为蛋白质, “m”为线粒体)。

5、当描述编码变异时, 应该在报告中使用和提供每个基因的一个参考转录本,该转录本应该是最长的已知转录本或者是最具临床相关性的转录本。可以通过
  • LRG 数据库(http://www.lrg-sequence.org)、
  • CDS 共识数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi)、
  • 人类基因突变数据库(http:// www.hgmd.cf.ac.uk) 、
  • ClinVar(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar)、
  • 特异基因座数据库来确定。


6、当使用数据库时, 临床实验室应做到: (i) 确定数据库的更新频率, 确定数据库收录相关数据时是否进行了校勘, 以及采用什么方法进行数据校勘; (ii) 确认采用HGVS 命名体系, 并确定描述变异的基因组版本和转录本参考序列; (iii) 确定数据分析准确度的验证程度(如变异是源自于低覆盖的新一代测序还是通过了Sanger 测序验证), 并分析用于评估数据准确度的各种指标, 要获得这些信息可能需要阅读相关的文献; (iv) 确定收录对象的来源及其唯一性。


7、虽然许多不同的分析软件程序使用不同的算法进行预测, 但其基本原理是相似的;因此, 在序列解读中, 不同软件工具组合的预测结果被视为单一证据而不是相互独立的证据。因为每个软件工具基于他们使用的算法都各有优缺点, 所以仍然建议使用多种软件进行序列变异解读; 很多情况下, 预测性可能因为基因和蛋白质序列的不同而有差异。无论如何, 这些软件分析结果只是预测, 他们在序列变异解读中的应用应该慎重, 不建议仅使用这些预测结果作为唯一证据来源进行临床判断。


8、本指南并不适用于解读体细胞变异、药物基因组(PGx)变异,或者是多基因非孟德尔复杂疾病相关的基因变异。在外显子组或基因组研究中, 对候选基因[意义不明确的基因(VUS)]应用这些准则时应当谨慎, 因为本指南目的不是满足鉴定新致病基因的研究需求。


9、解读应包含对变异检测结果进行分类的证据, 包括编码蛋白的功能影响预测, 以及检测所发现的变异是否可能全部或部分地解释患者的临床表型。报告也应包括对临床医生的建议, 这些建议包括一些需补充的临床检测, 如对患者进行细胞酶学/功能的检测, 以及对患者家系其他成员进行的变异检测, 以便为进一步解读变异检测结果提供支持。


10、中文版提供了两套标准:一是用于对致病或可能致病的变异进行分类, 另一是用于对良性或可能良性的变异进行分类。致病变异标准可分为非常强(very strong, PVS1), 强(strong,PS1~4); 中等(moderate,PM1~6), 或辅助证据(supporting,PP1~5)。良性变异证据可分为独立(stand-alone,BA1), 强(strong, BS1~4), 或辅助证据(BP1~6)。其中, 数字只是作为有助于参考的分类标注, 不具有任何意义。

 


 

第一步:判断变异属于良性或者致病性的依据

1、非常强的致病性证据(PVS:very strongpathogenicity)

PVS1: 功能丧失(LOF)型变异,属于无功能变异,包括无义突变、移码突变、经典的±1 或 ±2 的剪接突变、起始密码子变异、单个或多个外显子缺失。

注:(1)该基因的 LOF 是否是导致该疾病的明确致病机制(如 GFAP, MYH7); (2)3'端末端的功能缺失变异需谨慎解读;(3)需注意外显子选择性缺失是否影响到蛋白质的完整性; 4、需考虑一个基因存在多种转录本的情况。


2、强的致病证据(PS: strongpathogenicity)

PS1:与先前已确定为致病性的变异有相同的氨基酸改变。例如:同一密码子, G>C 或 G>T改变均可导致缬氨酸 →亮氨酸的改变。

注意剪切影响的改变。

PS2: 患者的新发变异, 且无家族史(经双亲验证)。

注: 仅仅确认父母还不够, 还需注意捐卵、代孕、胚胎移植的差错等情况。

PS3: 体内、体外功能实验已明确会导致基因功能受损的变异。

注: 功能实验需要验证是有效的, 且具有重复性与稳定性。

PS4: 变异出现在患病群体中的频率显著高于对照群体。

注: (1)可选择使用相对风险值或者 OR 值来评估, 建议位 点 OR 大于 5.0 且置信区间不包括 1.0 的可列入此项(详细见指南正文); (2)极罕见的变异在病例对照研究可能无统 计学意义,原先在多个具有相同表型的患者中观察到该变异且在对照中未观察到可作为中等水平证据。


3、中等致病证据(PM: moderatepathogenicity)

PM1: 位于热点突变区域, 和/或位于已知无良性变异的关键功能域(如酶的活性位点)。

PM2:ESP数据库、千人数据库、EXAC数据库中正常对照人群中未发现的变异(或隐性遗传病中极低频位点)。

注: 高通量测序得到的插入/缺失人群数据质量较差。

PM3: 在隐性遗传病中, 在反式位置上检测到致病变异。

注: 这种情况必须通过患者父母或后代验证。

PM4: 非重复区框内插入/缺失或终止密码子丧失导致的蛋白质长度变化。

PM5: 新的错义突变导致氨基酸变化, 此变异之前未曾报道, 但是在同一位点, 导致另外一种氨基酸的变异已经 确认是致病性的, 如: 现在观察到的是 Arg156Cys, 而 Arg156His是已知致病的。

注意剪切影响的改变。

PM6:未经父母样本验证的新发变异。
 

4. 支持致病证据(PP: supportingpathogenicity)

PP1: 突变与疾病在家系中共分离(在家系多个患者中检测到此变异)。

注: 如有更多的证据, 可作为更强的证据。

PP2:对某个基因来说,如果这个基因的错义变异是造成某种疾病的原因,并且这个基因中良性变异所占的比例很小,在这样的基因中所发现的新的错义变异。

PP3: 多种统计方法预测出该变异会对基因或基因产物造成有害的影响, 包括保守性预测、进化预测、剪接位点影响等。

注: 由于做预测时许多生物信息学算法使用相同或非常相似的输入, 每个算法不应该算作一个独立的标准。PP3在一个任何变异的评估中只能使用一次。

PP4: 变异携带者的表型或家族史高度符合某种单基因遗传疾病。

PP5: 有可靠信誉来源的报告认为该变异为致病的, 但证据尚不足以支持进行实验室独立评估。
 

5. 独立证据(BA:Stand-alone beingn)

BA1:ESP数据库(Exome SequencingProject),千人数据库(1000 GenomesProject)及 ExAC数据库(Exome AggregationConsortium)中的等位基因频率大于5%的变异。
 

6. 强的良性证据(BS: Strong benign)

BS1: 等位基因频率大于疾病发病率。

BS2: 对于早期完全外显的疾病, 在健康成年人中发现该变异(隐性遗传病发现纯合、显性遗传病发现杂合, 或者X 连锁半合子)。

BS3: 在体内外实验中确认对蛋白质功能和剪接没有影响的变异。

BS4: 在一个家系成员中缺乏共分离。
注: 这部分需要考虑复杂疾病和外显率问题。

 

7.支持证据(BP:supporting benign)

BP1: 已知一个疾病的致病原因是由于某基因的截短变异, 在此基因中所发现的错义变异。

BP2: 在显性遗传病中又发现了另一条染色体上同一基因的一个已知致病变异, 或者是任意遗传模式遗传病中又发现了同一条染色体上同一基因的一个已知致病变异。

BP3: 功能未知重复区域内的缺失/插入, 同时没有导致基因编码框改变。

BP4: 多种统计方法预测出该变异会对基因或基因产物无影响, 包括保守性预测、进化预测、剪接位点影响等。

注: 由于做预测时许多生物信息算法使用相同或非常相似的输入, 每个算法不应该算作一个独立的标准。BP4在任何一个变异的评估中只能使用一次。

BP5: 在已经有另一分子致病原因的病例中发现的变异。

BP6: 有可靠信誉来源的报告认为该变异为良性的, 但证据尚不足以支持进行实验室独立评估。

BP7: 同义变异且预测不影响剪接。


第二步:根据以下标准规则进行遗传变异分类

1. 致病的(Pathogenic)

1个PVS1证据+≥1个PS证据

1个PVS1证据+≥2个PM证据

1个PVS1证据+1个PM证据+1个PP证据

1个PVS1证据+≥2个PP证据

≥2个PS证据

1个PS证据+≥3个PM证据

1个PS证据+2个PM证据+ ≥2个PP证据

1个PS证据+1个PM证据+ ≥4个PP证据
 

2. 可能致病的(Likelypathogenic)

1个PVS证据+1个PM证据

1个PS证据+1~2个PM证据

1个PS证据+≥2个PP证据

≥3个PM证据

2个PM证据+ ≥2个PP证据

1个PM证据+ ≥4个PP证据
 

3.良性的(Benign)

1个BA证据

≥2个BS证据
 

4.可能良性的(Likely benign)

1个BS证据+1个BP证据

≥2个BP证据
 

5.意义不明确的(Uncertain significanec)

不满足上述标准

既有良性证据又有致病证据的突变 

 


 

英文版原文地址:www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4544753

中文在线版地址:http://acmg.cbgc.org.cn
 


 

美国医学院遗传学会(ACMG)成立于1991年,是发展延续基因和基因组的临床实践,为临床和基因诊断实验室的日常工作、教育和宣传方面提供指导性的倡议和方案。

其三个指导性计划。1.对临床和实验室实践指导:通过发表政策声明和经过循证或专家共识,为临床和实验室实践提供指导方针, 并通过建立基因组医学的最佳说明和范例; 2. 教育:为医学遗传学家、其他卫生专业人员和公众提供教育和工具, 并培养遗传学工作者; 3. 宣传:与政策制定者和支付者一起合作, 支持基因组学在医疗实践中应尽的责任。

 

 

 

 中国遗传学会遗传咨询分会成立于2015年,由从事遗传学教学和科研的遗传学工作者自愿组成的,是非营利的社会组织。宗旨是:建立标准化的遗传咨询流程,培训合格的遗传咨询师,提高国民健康水平,降低我国的出生缺陷水平。